ایده اصلی این لوگو بر اساس شعر "درخت توگرباردانش بگیرد، به زیرآوری چرخ نیلوفری را" شکل گرفته است. شهرعلم اصفهان دربرگیرنده ی خانه زیست شناسی ، خانه ریاضیات ، خانه فیزیک وخانه آماراست. درطراحی این لوگو سعی بر این بوده که بااستفاده از خط نستعلیق ، کلمه ی شهر علم ونماد سرووبا بهره گیری ازاشکال هندسی فضایی مدرن، امروزی وعلمی نمایش داده شود . یکی از دلایل استفاده از سرو، پیشینه ی تاریخی این نماد بوده که یکی از کاربردهایش استفاده درکاشیکاری های سنتی اصفهان بوده است وچون اصفهان شهریست با پیشینه ی تاریخی وهنری غنی، از این نماد استفاده شده ودوم اینکه یکی از بخش های شهر علم ، خانه زیست شناسی است و ازدیگر ایده های این لوگونمایش عمل فتوسنتزگیاهان بوده است. درعمل فتوسنتز، اندام‌هایی مانند برگ که دارای سبزینه هستند، کربن دی‌اکسید، آب و نور را جذب‌کرده و به کلروپلاست می‌رسانند. طی واکنش‌هایی که درون کلروپلاست انجام می‌گیرد، این مواد به اکسیژن و کربوهیدراتها تبدیل می‌شوند. درکل عمل فتوسنتز با ترکیب خاص خط نسعلیق در این لوگو نمایش داده شده است. انتخاب رنگ سبز نیز بخاطر سبزینه درخت سروبوده است ومورددیگراینکه درچرخه دایره رنگ ها ، رنگ سبز نمادتفکروتعقل است که با رسالت شهرعلم اصفهان ارتباط مستقیم وویژه دارد
